شکل هندسي مولکول ها تاثير به سزايي بر فعاليت شيميايي آن ها دارد.اين واقعيت،به ويژه در مورد واکنش هايي صادق است که در سيستم هاي صوتي رخ مي دهد.از ميان صدها نوع مولکولي که در مايع هاي موجود سيستم هاي زيستي وجود دارد،واکنش دهنده هاي مناسب بايد يکديگررا پيدا کنند و با هم واکنش دهند. در واقع،اين مولکول ها بايد بسيار هوشمندانه عمل کنند.ساختار اين مولکول ها به گونه است که تنها بخشهاي مناسبي ازآنها به يکديگر نزديک مي شوند و وا کنش انجام مي دهند.


کاربرد مولکول ها به عنوان وسيله براي ارتباط،حوزه ديگري است که شکل هندسي مولکول ها نقش مهمي در آن ايفا مي کند.انتقال پيام هاي عصبي در طول سيناپس ها،نمونه از ارتباط شيميايي است که در بدن انسان رخ مي دهد.گياهان و جانوران نيز از ارتباط شيميايي استفاده مي کنند. براي نمونه،مورچه ها از خود رد پاي شيميايي بر جاي مي گذارند، به گونه که مورچه هاي ديگر به راحتي مي توانند منبع غذايي را بيابند که مورچه اول يافته است،هم چنين،مورچه ها با آزاد کردن مواد شيميايي ويژه،مورچه هاي ديگر را از خطر هاي موجود در مسير آگاه مي کنند.

مولکول ها به گونه خاصي در جايگاه هاي ويژه گيرنده هاي مناسب قرار مي گيرند و به اين ترتيب،پيام ها را منتقل مي کنند.در اين فرايند،شکل هندسي مولکول نقش تعيين کننده دارد.هنگامي که يک مولکول جايگاه ويژه را اشغال مي کند،فرايند هاي شيميايي فعال شده،موجب مي شوند که پاسخ مناسبي به محرک داده شود.
 

◄   پيام دهنده شيميايي:
يک پيام دهنده شيميايي مولکولي است که پيام را بين اعضاي متعلق به گونه هاي يکسان يا متفاوت از گياهان يا جانوران منتقل مي کند.سه نوع پيام دهنده شيميايي وجود دارد که عبارتند از آلامون،کايرومون و فرومون.هريک از اين پيام دهنده ها از نظر بوم شناسي اهميت به سزايي دارد.
 

      +   آلامون:
آلامون پيام دهنده است که به نوعي به توليد کننده خود قدرت مي دهد تا بتواند با محيط اطراف سازگار شود. بسياري از گياهان با توليد مواد شيميايي بد مزه،خود را در برابر حشرات و حيوانات گياه خوار حفظ مي کنند.براي نمونه،نيکوتين موجود در گياه تنباکو موجب مي شود که حيوانات از خوردن اين گياه بتر سند.
گياهان و حيوانات از آلامون ها تنها به عنوان ماده دفاعي استفاده نمي کنند.گل ها به کمک پراکنده کرد ن رايحه خود،حشرات گرده افشان را به سمت خود جلب مي کنند.براي نمونه گل يونجه با پراکندن مجموعه از ترکيب هاي معطر،زنبور هاي عسل را به سوي خود مي کشند.
 

      +   کايرومون:
کايرومون پيام دهنده است که خبر هاي سودمندي را به گيرنده مي رساند.بسياري از جانوران شکار چي،محل طعمه خود را به کمک کايرومون هايي از طعمه پراکنده مي شود،شناسايي مي کنند.براي نمونه از پوست سيب ماده تراوش مي شود که توجه لارونوعي حشره را به خود جاب مي کند.
 

      +   فرومون:
فرومون پيام دهنده است که تنها گيرنده هاي اعضاي متعلق به يک گونه از گياهان يا جانوران را تحريک مي کند.فرومون هاي جنسي حشرات نمونه از فرومون هايي هستند که در برخي از گونه ها به وسيله جنس نرو در برخي ديگر به وسيله جنس ماده توليد و در هوا پراکنده مي شود.اين مواد سبب مي شود که جنس مخالف به سمت حشره پخش کننده آن جذب شود.
هم اکنون،دانشمندان به طور گسترده در حال مطالعه پيرامون فرومون هاي حشرات هستند واميدوارند روش تازه براي کنترل حشرات بيابند،روشي کارا و مطمئن که بتوان جاي آفت کش هاي شيمياي رابگيرد.